La infraestructura y las actividades de coordinación están financiadas de forma conjunta por el INSERM (Instituto Nacional Francés de la Salud y de la Investigación Médica), la Dirección General de Salud (DGS) francesa y la Comisión Europea mediante OrphaNetWork (831390), una subvención directa del 3er Programa de Salud de la Unión Europea.

Desde abril de 2010, el Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER) es el nuevo socio en España de Orphanet, financiando al equipo de documentalistas y proporcionándoles las herramientas y espacio necesario para el desarrollo de su actividad.

El CIBERER constituye el Área de Enfermedades Raras del Consorcio público CIBER, establecido por iniciativa del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), creada para servir de referencia, coordinar y potenciar la investigación sobre las enfermedades raras en España.